Родился 20.10.1918 г. в д. Кибиреве Туринского района Свердловской области в семье крестьянина. Русский. Окончил 7 классов школы, работал трактористом в Туринской МТС.
В 1938 г. Ватомов был призван на службу в Красную Армию. Принимал участие в боях на реке Халхин-Гол. Служил на Дальнем Востоке.
С первых дней Великой Отечественной войны находился на фронте. Командир отделения роты разведки 212-й воздушно-десантной бригады (37-я армия Юго-Западный фронт) кандидат в члены ВКП(б) сержант Ватомов при выполнении боевых задач проявил мужество, отвагу, героизм. Отличился во время боёв в Киевской области. В одном из боёв, заменив выбывшего из строя командира взвода, успешно руководил действиями подразделения.
12 августа 1941 г. у хутора Теремки (пригород г. Киев, Украина) его взвод уничтожил миномётную батарею противника. В ночь с 13 на 14 августа 1941 г. у села Чабаны взводом Ватомова было уничтожено 2 пулемётных расчета и группа автоматчиков противника.
Из наградного листа:
«Тов. Ватомов в первый день боев умело руководил отделением под уроганным пулеметным и артиллерийским огнем, поддерживал бесперебойную связь между штабом бригады и соседом справа. После ранения командира взвода принял командование на себя. Как бесстрашный и находчивый командир, неоднократно по заданию командования вместе со взводом пробирался в тыл противника, добывая ценные сведения о расположении частей противника, артиллерийских и минометных позиций. Вместе со взводом уничтожил много огневых точек противника.
12.08.41 г. в районе хут. Теремки, ведя разведку, тов. Ватомов атаковал минометную батарею, уничтожил прислугу, 2 миномета, 1 миномет принес в свою часть.
Находясь в разведке, в ночь на 14 августа в районе хут. Чабаны уничтожил 2 пулеметных расчета и захватил 2 станковых пулемета, уничтожил 10 автомачиков и принес в часть 15 автоматов, захваченных у противника.
Тов. Ватомов вместе с ротой 5 раз ходил в атаку, всякий раз показывал образцы мужества, бесстрашия, геройства и отваги. За доблесть и геройство, проявленные в боях за Социалистическую родину, достоин присвоения звания «Герой Советского Союза».
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 ноября 1941 г. сержант Яков Иосифович Ватомов был удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
Ватомов Я.И. умер от ран в одном из госпиталей г. Кисловодска 20 декабря 1941 г. Похоронен в г. Кисловодске.
Именем Ватомова Я. И. названа улица в г. Туринске Свердловской области. На здании туринского отделения «Сельхозтехника» в память о героическом земляке установлена мемориальная доска.